Конец XX века. Несколько лет назад, ещё девочкой, сэр Интегра Хеллсинг получила в наследство от отца руководство секретной организацией «Хеллсинг», которая уже больше ста лет защищает Британию от нежити, и стала госпожой укрощённого супервампира Алукарда. После очередной зачистки Интегра замечает, что случаи спонтанного возникновения вампиров и созданных ими зомби заметно участились, когда в противостояние с «Хеллсингом» вступает 13-й отдел Ватикана «Искариот», состоящий из боевых магов под руководством паладина Александра Андерсона, и тайная организация «Миллениум».